Специалист по молекулярному моделированию в стартап по разработке лекарств

Чем предстоит заниматься:

→ Разрабатывать и автоматизировать пайплайны вычислений, связанных с малыми молекулами, белками и их комплексами, методами молекулярной динамики.
→ Проводить расчёты, связанные с оптимизацией параметров белков (стабильность, аффинность, и др.) и комплексов лиганд-белок.
→ Подготавливать базы данных малых молекул и комплексов лиганд-белок для обучения ИИ.
→ Осуществлять бенчмаркинг результатов ИИ моделей с помощью классических методов молекулярного моделирования.
→ Участвовать в разработке проприетарного программного обеспечения.
→ Участвовать в подготовке публикаций в научных журналах и докладов на конференциях.

Что важно в опыте:

→ Знание основ структурной биологии, органической химии, понимание цикла разработки лекарственных препаратов и релевантных вычислительных методов.
→ Базовые навыки программирования на языке Python и работы в командной строке Unix.
→ Уверенное владение теоретической базой метода молекулярной динамики биомолекул и его приложений, знание принципов конструирования силовых полей AMBER и CHARMM, в т. ч. общих силовых полей для малых молекул (GAFF, CGenFF).
→ Опыт работы в пакетах NAMD и/или GROMACS и в сопутствующих программах, сервисах и библиотеках (например, CHARMM-GUI, Antechamber, ParmEd), в т.ч. в программах визуализации (VMD, PyMOL).
→ Опыт работы с программами для моделирования белковых структур (AlphaFold, RosettaFold, I-TASSER).
→ Плюсом будут знания в области квантовой химии и навыки работы в соответствующих программных пакетах (ORCA, Gaussian, TeraChem и т.д.), опыт параметризации малых молекул (например, с помощью плагина ForceField Toolkit программы VMD), владение фреймворком Rosetta, знание языка программирования С++.

Условия:

→ Очный формат работы (возможен гибридный формат по договоренности), офис в Сколтехе.
→ IT аккредитация, отсрочка.
→ Гибкое начало дня.
→ Оформление по ТК РФ.
→ ДМС.