Биоинформатик

Общее описание:

Отдел системной биологии и биоинформатики ищет биоинформатиков для работы с данными секвенирования человека. В прошлом году опубликовали самый масштабный проект с нашим участием: базу данных популяционных частот генетических вариантов населения Российской Федерации, содержащую полностью деперсонализированную информацию о частотах встречаемости более 550 млн герминальных генетических вариантов (однонуклеотидных вариантов, коротких вставок и делеций). Для создания Базы использовали данные полногеномного секвенирования 120 тысяч человек со всей России.

Сейчас мы активно развиваем и дополняем Базу данных, параллельно запуская ряд новых исследований в медицинской сфере, в том числе в онкологии и персонализированной медицине. В связи с этим мы расширяем команду биоинформатиков и рассматриваем резюме как начинающих, так и опытных специалистов. У нас можно развиваться в сторону более технической биоинформатики (поддержание и улучшение существующих пайплайнов, написание технической документации, контроль качества данных) или в сторону более аналитической биоинформатики (разработка новых подходов по анализу данных секвенирования геномов человека, работа с популяционными данными, интерпретация результатов). Краеугольным камнем отдела являются систематизация, основательный подход, ответственность и аккуратность.

Стек технологий:

• Язык разработки: Python, bash
• Работа с пайплайнами: Docker, CWL
• Совместная работа над кодом: GitLab

Обязанности:

• Поддержание и развитие существующих пайплайнов по анализу данных секвенирования (WGS, RNASeq).
• Сборка и оптимизация новых пайплайнов, подбор наиболее подходящих программ обработки данных секвенирования в зависимости от поставленных целей.
• Чтение научных публикаций и подготовка предложений по внедрению новых подходов анализа имеющихся данных.
• Разработка и ведение технической документации.
• Описание результатов исследований в форме информационно-аналитических отчетов и справок.

Требования:

Основные:

• Опыт работы с биоинформатическими инструментами и базами данных (опыт обработки данных WGS, клинического анализа данных секвенирования или популяционных исследований будет большим преимуществом).
• Знание как минимум одного языка программирования на продвинутом уровне.
• Опыт работы в командной строке (bash), владение Git.
• Знание английского языка на уровне чтения технической документации и научных статей.
• Навыки самостоятельной работы; готовность брать на себя ответственность за результат.
• Готовность заниматься методической работой, написанием технической документации.
• Быстрая обучаемость.
• Внимательность, аккуратность.

Организационные:

• Наличие диплома о высшем образовании. В приоритете техническое, математическое, биоинформатическое, медико-биологическое образование.
• Очное присутствие в офисе в Москве обязательно.

Будет плюсом:

• Знание основ генетики человека, молекулярной биологии.
• Понимание принципов работы технологий высокопроизводительного секвенирования.
• Наличие открытых репозиториев на Github.
• Умение работать с вычислительными кластерами
• Готовность участвовать в написании научных статей.
• Опыт представления результатов в виде статей, докладов.
• Инициативность.

Зарплата:

От 110 тыс. руб. в зависимости от навыков, опыта работы и скорости обучения.

Условия:

• График работы: 9:30-18:00 (включая 30 минут на обед). При необходимости есть возможность сдвинуть время начала рабочего дня.
• Работа исключительно очно (метро Щукинская, МЦД Стрешнево), удаленного формата нет.
• Индивидуальное рабочее место с мощным ноутбуком и двумя мониторами.
• Очень много данных и мощная инфраструктура для их анализа.
• Разнообразные задачи в зависимости от имеющихся навыков и желаемой траектории развития.
• Возможно посещение семинаров, школ, конференций и других мероприятий.
• Возможно прикрепление к ведомственной поликлинике.
• Парковка есть, оговаривается индивидуально.

Для отклика: напишите, пожалуйста, с какими NGS данными Вы работали, какие инструменты использовали.